Forman parte del CIEM la Base Atlántica de la Flota (BAF) en la ciudad de Kaliningrado y la Base del Océano Pacífico de la flota (TBF) en la ciudad de Vladivostok, que deben llegar a ser las mayores bases de la flota científica de Rusia.

Según el estado al mes de febrero de 2017, en la administración operativa de la BAF se encuentran los buques de investigación científica (BIC): “Akademik Sergey Vavilov”, “Akademik Ioffe”, “Akademik Mstislav Keldysh”, “Akademik Nikolaj Strakhov”, “Professor Shtokman”. De acuerdo con la decisión de la Agencia Federal de Investigaciones Científicas (AFIC), la flota de la BAF se completará con el BIC “Akademik Boris Petrov” después de regresar de la expedición científica multiaspectual en el Océano Indico.

Dentro de poco tiempo formarán parte de la BPF, pasando de la Dirección de la Flota de Investigación Científica de la Región del Extremo Oriente de la Academia de Ciencias de Rusia los siguientes BIC: “Akademik Oparin”, “Akademik M.A.Lavrentyev”, “Professor Bogorov”, “Professor Gagarinskiy”.