В состав ЦМЭИ входят Атлантическая база флота (АБФ) в городе Калининград, которая является крупнейшей базой научного флота в России. По состоянию на апрель 2019 года в оперативном управлении АБФ находятся научно-исследовательские суда (НИС): «Академик Сергей Вавилов», «Академик Иоффе», «Академик Мстислав Келдыш», «Академик Николай Страхов», «Профессор Штокман», «Академик Борис Петров».