Основная задача ЦМЭИ – обеспечить полное выполнение госзадания Министерства науки и высшего образования в области морских научных исследований научно-исследовательские (НИС) и пассажирские суда (ПС): ПС «Академик Сергей Вавилов» и «Академик Иоффе», НИС «Академик Мстислав Келдыш», «Академик Николай Страхов», «Академик Борис Петров», находящихся в оперативном управлении ИО РАН.
В состав ЦМЭИ по состоянию на 2024 год входит Атлантическая база флота (АБФ) в городе Калининград, которая является крупнейшей базой научного флота в России.
ЦМЭИ предоставляет научно-исследовательские суда для всех научных организаций Министерства науки и высшего образования России для проведения различных работ по морской тематике. ЦМЭИ обеспечивает максимально эффективную загрузку своих научных судов, оснащает их современным научным оборудованием, организует подготовку комплексных научных экспедиций, научно-изыскательских работ, плавучих университетов, экспедиций по поиску затопленных объектов, включая особо опасные объекты в морях России, мониторинг экологического состояния морей России в районах интенсивной хозяйственной деятельности. ЦМЭИ отвечает за ремонт, надлежащее содержание, эксплуатацию и безопасность научного флота, квалификацию членов экипажей, транспортное и снабженческое обслуживание судов».
Основная задача ЦМЭИ – обеспечить полное выполнение госзадания Министерства науки и высшего образования в области морских научных исследований.
ЦМЭИ предоставляет научно-исследовательские суда для всех научных организаций Министерства науки и высшего образования России для проведения различных работ по морской тематике. ЦМЭИ обеспечивает максимально эффективную загрузку своих научных судов, оснащает их современным научным оборудованием, организует подготовку комплексных научных экспедиций, научно-изыскательских работ, плавучих университетов, экспедиций по поиску затопленных объектов, включая особо опасные объекты в морях России, мониторинг экологического состояния морей России в районах интенсивной хозяйственной деятельности. ЦМЭИ отвечает за ремонт, надлежащее содержание, эксплуатацию и безопасность научного флота, квалификацию членов экипажей, транспортное и снабженческое обслуживание судов. В перспективе ЦМЭИ пополнится еще двумя базами флота – Черноморской и Арктической.