Комплексная модернизация научного флота Института проводится из средств, выделяемых Минобрнауки России в рамках нацпроекта «Наука».

В процессе модернизации запланировано  усовершенствование технического состояния и эксплуатационных характеристик судов,  обновление научного и судового оборудования в соответствии с потребностями современной науки.

В настоящее время Институтом проводятся работы по созданию проектов модернизации для двух первых судов ИО РАН:  «Академик Сергей Вавилов» и «Академик Николай Страхов». По условиям государственного контракта к осени  2021 года должна завершиться разработка рабоче-конструкторской документации, после чего Институт приступит к реализации проекта.

Начало процесса модернизации НИС «Академик Мстислав Келдыш» и  «Академик Иоффе»  запланировано на 2022 год.